Las áreas protegidas de Honduras por ley son la responsabilidad del estado a través del departamento de áreas protegidas (DAP), Dependencia del Instituto de Conservación Forestal (ICF).

Honduras en la actualidad cuenta con 91 áreas protegidas en diferentes categorías como ser, refugios de vida silvestre, parques nacionales, monumentos naturales y zonas productoras de agua.

Refugio de vida silvestre Colibrí Esmeralda hondureño

El refugio de vida silvestre colibrí esmeralda hondureño, se encuentra ubicado en los municipios de Olanchito y Arenal, departamento de Yoro, en la parte alta del Valle del Aguán, conocido como el Valle de Arriba.

Esta área protegida tiene en conservación 2,156.56 has de bosque seco y muy seco, en 31 polígonos diferentes, distribuidos a lo largo de 46 kilómetros de la carretera central.

La Muralla

El refugio de vida silvestre La Muralla se encuentra localizado en el departamento de Olancho entre los municipios de la Unión, Jano y Esquipulas del Norte que cuenta con una extensión superficial de 26,903.48.

La Muralla cuenta con una clasificación de cinco ecosistemas, existiendo una gran variedad de especies de flora, tanto del nivel superior como de helechos, musgos y otras plantas.

En esta zona se encuentran ocho especies de orquídeas de los géneros Encyclia, Maxillaria, Ornithocephalus, Pleurothallis, Sobralia y Stelis.

Laguna de Guaimoreto

Se encuentra al este de la ciudad de Trujillo en el departamento de Colón. Es una laguna salobre de 50 kilómetros cuadrados, poco profundos rodeados de manglares y con desembocadura siempre abierta hacia la Bahía de Trujillo.

Parque Nacional Capiro y Calentura

Este está situado al lado sur de la ciudad de Trujillo, departamento de Colón, el área del parque es de aproximadamente de 62 kilómetros cuadrados con una zona de núcleo de 49.4 km2.

La importancia del bosque húmedo tropical se basa en que es la única fuente abastecedora de agua para la ciudad de Trujillo y comunidades.

Reserva biológica Montecillos

Cuenta con un área de 20,333.33 has compartida entre ocho municipios: Comayagua, El Rosario, Siguatepeque y Ajuterique del departamento de Comayagua; Santiago de Puringla y La Paz del departamento de La Paz, Masaguara, y Jesús de Otoro en Intibucá.

En este lugar se han identificado cuatro objetos de conservación: bosque nublado, bosque de pino, especies de fauna con valor cinegético y sistema hídrico.

Monumento Natural El Boquerón

Se encuentra en Olancho entre los municipios de Juticalpa, Santa María del Real y San Francisco de la Paz; la extensión territorial es de 4,371 .4 hectáreas.

El Ciruelo

Está localizado en el Valle de Agalta en el municipio de San Esteban en el departamento de Olancho y cuenta con una extensión territorial de 85 hectáreas. Este lugar es la única zona conservada mediante acuerdo ejecutivo.

Lago de Yojoa

El Lago de Yojoa, es el único Lago natural de agua dulce de Honduras, declarado como área protegida en el año 1971 y está ubicado en el centro-occidental de Honduras, entre los departamentos de Comayagua, Cortés y Santa Bárbara a 157 kms de Tegucigalpa y 84 de San Pedro Sula.

Áreas protegidas por zonas

Zona Central

• Parque Nacional La Tigra

• Parque Nacional La Montaña de Yoro

• Parque Nacional la Montaña de Comayagua

• Parque Nacional Cerro Azul Meámbar

• Parque Nacional Sierra de Agalta

• Reserva Biológica Misoco

• Reserva Biológica Montecillos

• Área de Uso Múltiple Lago de Yojoa

• Reserva Biológica El Chile

Zona norte

• Parque Nacional Pico Bonito

• Parque Nacional Punta Sal

• Parque Nacional Punta Izopo

• Refugio de Vida Silvestre Cuero Salado

• Parque Nacional Capiro y Calentura

• Parque Nacional Cusuco

• Jardín Botánico Lancetilla

• Refugio de Vida Silvestre Laguna Guaimoreto

• Refugio de Vida Silvestre Texiguat

• Monumento Cultural Fuerte de San Fernando de Omoa

Zona Oriental

• Reserva Antropológica El Carbón

• Reserva Forestal Mocorón

• Reserva Biológica Laguna Caratasca

• Reserva Biológica Rus-Rus

• Parque Nacional Patuca

• Parque Nacional Warunta

• Reserva Biosfera del Río Plátano

• Reserva Biosfera Tawahka

• Parque Nacional Cayos Mismitos

• Reserva Marina Islas del Cisne

Zona Occidental

• Refugio de Vida Silvestre Puca

• Monumento Natural Congolón

• Reserva Biológica El Pital

• Reserva Biológica Volcán Pacayita

• Parque Nacional Celaque

• Monumento Cultural Ruinas de Copán

• Reserva Biológica Guaisadote

• Parque Nacional Trifinio-Montecristo

• Parque Nacional Cerro Azul Copán

• Refugio de Vida Silvestre Erapuca

Zona Insular

• Refugio de Vida Silvestre Santa Elena

• Reserva Marina Turtle Harbour

• Refugio de Vida Silvestre Cayos de Útila

• Reserva Marina Barbareta

• Refugio de Vida Silvestre Port Royal

• Parque Nacional Marino Cayos Cochinos

• Reserva Marina Sandy Bay