Las aduanas son lugares por donde pasan personas y mercancías y se encarga de controlar a los individuos y productos que salen y entran de un país, es decir regula el tráfico migratorio y controla el pago de impuestos.
Honduras cuenta con aduanas marítimas, aéreas y terrestres, pero sus principales son 18, las cuales 8 son marítimas, 8 terrestres y solo dos aéreas.
El Sistema Aduanero Hondureño forma parte de la estructura administrativa de la Secretaría de Finanzas, bajo el nombre de Dirección Ejecutiva de Ingreso (DEI) organismo creado en 1994, fusionando a la antigua Dirección General de Aduanas y la Dirección General de Tributación.
Principales aduanas de Honduras
Aduanas Terrestres
Aduana El Poy
Aduana El Poy ubicada en el departamento de Ocotepeque, frontera entre Honduras y El Salvador.
Aduana El Amatillo
Ubicada en el departamento de Valle, frontera entre Honduras y El Salvador.
Aduana Agua Caliente
Esta se encuentra situada en Ocotepeque, frontera entre Honduras y Guatemala.
Aduana el Florido
Ubicada en Copán, frontera entre Honduras y Guatemala.
Aduana Corinto
Ubicada en Puerto Cortés, departamento de Cortés, frontera entre Honduras y Guatemala.
La Fraternidad
Ubicada en Choluteca, frontera entre Honduras y Nicaragua.
Las Manos
Está situada en el departamento de El Paraíso junto a la frontera con Nicaragua.
Guasaule
Se encuentra en Choluteca entre la frontera de Honduras y Nicaragua.

Aduanas Aéreas
Guardatura Toncontín
Aeropuerto principal de Toncontín, Tegucigalpa.
Guardatura La Mesa
Aeropuerto internacional Ramón Villeda Morales de San Pedro Sula.
Aduanas Marítimas
- Aduana de Puerto Cortés
- Guardatura Roatán -Islas de la Bahía
- Guardatura la Ceiba - Atlántida
- Aduana de Tela - Atlántida
- Aduana de Trujillo - Colón
- Aduana de Puerto Lempiras - Gracias a Dios
- El Henecan - Valle
- Aduana de Amapala -Valle
Según el sitio www.aduanas.gob.hn, Honduras cuenta con 13 aduanas terrestres, 4 aéreas y 8 marítimas, y todas son importantes para el comercio del país, además, juega un rol importante en materia del comercio exterior.