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Mejía Vargas fue arrestado en 2009 cuando lo acusaron de haberse robado un cargamento de 143 kilos de cocaína en una operación ejecutada en La Mosquitia, Gracias a Dios, en el oriente de Honduras.
Por ese proceso enfrentó un juicio oral y público en el que se le dictó sobreseimiento luego de que el titular de la Dirección Nacional de Investigación Criminal (DNIC) declarara que le había encomendado la tarea de decomisar la droga.
Después de eso, Mario Guillermo Mejía Vargas regresó a la institución policial y continuó con sus labores.
Más tarde, en 2016, el excomisario de la Policía Nacional fue extraditado a Estados Unidos, luego de que lo acusaran de narcotráfico. Además, se le señala como uno de los responsables de la muerte del zar antidroga, Arístides Gonzales, en 2009.
Ordenó matar al 'Fisca de Oro'
En 2017, Mario Guillermo Mejía Vargas fue señalado por el Ministerio Público como el autor intelectual del asesinato de Orlan Chávez, mejor conocido como el 'Fiscal de Oro'.
El crimen contra el fiscal Orlan Chávez, ocurrió el 18 de abril de 2013, a eso de las 8:15 de la noche cuando la víctima regresaba de dar clases en la Facultad de Derecho de la Universidad Nacional Autónoma de Honduras (UNAH).
Chávez fue interceptado por dos sujetos a 6o metros del puente Juan Ramón Molina, quienes lo atacaron a disparos hasta quitarle la vida.
Mejía Vargas aceptó el crimen y aseguró que planeó matar al fiscal porque "estaba investigando a un primo mío".
El excomisario de la Policía subió este día al estrado para declarar en contra del expresidente. En su corta intervención admitió que coincidió varias veces con Mauricio Hernández, quien lo llevó a la casa del hermano del expresidente, Tony Hernández.
Al ser testigo protegido Mejía Vargas no ha sido condenado y está a la espera de que tras dar su testimonio se le aplique una pena reducida, que podría ser de 15 años.
Juicio JOH: Exmiembro de la Policía Nacional confiesa que ordenó matar al 'Fiscal de Oro'