Aguilar Godoy es un policía que ascendió desde la escala básica, como subinspector, hasta convertirse en comisionado general el pasado 9 de junio de 2022, el segundo rango más alto dentro de la institución.
Entre 2012 y 2013, Juan Manuel Aguilar Godoy, al momento en que ostentaba el rango de subcomisionado, fue asignado como asistente del entonces director de la Policía Nacional, Juan Carlos "Tigre" Bonilla, quien ahora enfrenta cargos por narcotráfico en Estados Unidos.
En aquel momento, el nombre del ahora director general de la Policía Nacional salió a relucir debido a que protagonizó un intercambio de disparos con asaltantes que intentaron hacerle daño al momento en que ingresaba a su vivienda en la residencial Honduras de la capital Tegucigalpa. Uno de ellos murió.
Años más tarde, exactamente el 11 de septiembre de 2017, una nueva polémica salpicó a Juan Manuel Aguilar Godoy.
Él, junto con otros dos oficiales de la Policía Nacional, fueron denunciados por supuestamente haber torturado a estudiantes universitarios y a defensores de derechos humanos.