El 18 de enero de 1949, el Congreso Nacional de Honduras modificó el Decreto No. 7 del 16 de febrero de 1866, que creó la Bandera Nacional. Estas reformas definieron el azul turquesa como el color oficial de dicho símbolo y el orden en el que se deben colocar las estrellas.

Se suponía que esto corregiría el revoltijo de tonos de color de las banderas en uso hasta ese momento. Además, se consideró la falta de uniformidad de las estrellas, cuya disposición no estaba clara desde 1866.

Antes de 1866, Honduras usaba las siguientes banderas: La Cruz de Borgoña, Primer Imperio Mexicano (1821-1823), Provincias Unidas de Centroamérica (1823-1824), República Federal de Centroamérica (1825-1839).

El historiador José Carlos Cardona afirma que en 1866 se confeccionaron dos banderas: una civil con cinco estrellas invocando la unidad centroamericana y otra comercial/militar, con el escudo nacional en vez de las estrellas. Se desconoce el tono exacto de azul usado en la original.

En 1895, Honduras, El Salvador y Nicaragua fundaron la República Mayor de Centroamérica mediante el Pacto de Amapala. En este tratado se retoman los símbolos del centroamericanismo. El proyecto federal duró hasta 1898, así que Honduras volvió a usar sus símbolos anteriores.

No se sabe cuándo cambió el color de la bandera. Lo que se sabe es que el azul marino se puso de moda en algún momento de principios del siglo XX para usos comerciales y protocolos militares.

El azul marino se usó en todas las banderas institucionales durante el gobierno de Vicente Mejía Colindres, pero no se emitió ningún decreto. Cuando llegó Carías, este color iba a la perfección con el color de la bandera del partido nacional. Hemos llegado a 1949.

El decreto al final de la dictadura dice que la bandera debe verse azul turquesa, pero el control absoluto del gobierno de Carías sobre todos los asuntos de la vida civil y pública del país hizo imposible volver a ese tono, dice Cardona.

El advenimiento de los gobiernos militares alentó el uso del azul marino debido a una confusión histórica. Evocaron el segundo artículo del decreto de 1949 para usar la bandera de guerra, pero como dicho artículo no especificaba qué azul aplicar, utilizaron el que ya estaba en uso.

El 1 de septiembre de 2020, ante la ausencia de un reglamento estatal que determine el código de color oficial para los colores de la Bandera Nacional, la UNAH estableció un código para su uso, hasta que dichos colores sean definidos y regulados por decreto legal.